巧克力囊肿主要出现在女性的卵巢里面，如果囊肿得不到及时治疗而出现破裂的情况，会给女性造成诸多伤害，比如会导致不孕，会导致女性月经不调甚至引起弥漫性腹膜炎等疾病。
1、导致不孕
巧克力囊肿会造成输卵管机械性堵塞，影响卵巢的排卵功能，影响患者营养，如双侧卵巢癌使卵巢的大部分组织破坏，不孕的发生率较高。因此卵巢巧克力囊肿会引起输卵管堵塞，从而造成不孕。
2、导致弥漫性腹膜炎
囊肿破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如果破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，卵巢巧克力囊肿的危害造成致命的后果。
3、月经不调、腹痛、性生活痛
巧克力囊肿会引起囊肿的破裂，囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发破裂，粗暴或剧烈的性生活，尤其是经前期性生活，常是常见的导致囊肿破裂的重要诱因。
4、造成盆腔器官的粘连
巧克力囊肿经过一段时间后，囊内积血再次增多、压力再次增大时，又可发生自发性破裂。囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。