怀孕六周有褐色分泌物一般是激素水平过高、阴道炎、宫颈炎等原因导致。
1、激素水平过高：在怀孕以后激素水平不断提高，可能会产生阴道分泌物增多，一般属于正常，要注意阴道的卫生。
2、阴道炎：怀孕以后抵抗能力比较弱，受到了细菌感染产生阴道炎有褐色分泌物，可以选择高锰酸钾清洗。
3、宫颈炎：宫颈的部位受到了细菌感染，也会产生褐色分泌物，在医生指导下使用阿奇霉素片、阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等。
除了以上原因也有可能是子宫肌瘤，需要到医院做检查。