怀孕45天孕囊在卵巢一般需要通过手术的方法来做治疗，才能帮助疾病得到有效的改善。
怀孕45天的时候，是可以通过腹部彩超的方法检查孕囊位置，如果检查出孕囊在卵巢当中则说明出现了异位妊娠也属于宫外孕，必须要尽快采取治疗措施的改善，才能避免对身体健康的影响，或者导致大出血的风险。可以通过胚胎取出手术的方法来做治疗。
在做完治疗之后，需要适当的卧床休息一段时间，要尽量避免做剧烈的运动或者重体力劳动，还需要多吃一些优质蛋白质的食物。