怀孕B超有囊肿可能是生理性囊肿、宫颈囊肿、子宫内膜异位囊肿等原因所引起，需要根据不同的病因对症治疗。
1、生理性囊肿：怀孕后可能会引起生理性囊肿，比如体内激素出现变化会出现不排卵的现象，卵巢不排卵受到激素影响，会形成黄体囊肿，属于正常的生理现象。
2、宫颈囊肿：宫颈囊肿比较小通常无症状，怀孕后受到激素的影响会刺激囊肿，囊肿会出现生长，在B超下检查一下会发现宫颈囊肿。
3、子宫内膜异位囊肿：怀孕后子宫内膜一般不会周期性脱落，可能会使内膜碎片在新的位置生长，容易引起子宫内膜异位囊肿。
除此之外，还可能是子宫内膜息肉、子宫肌瘤等原因所引起。