怀孕三个月头疼可能是过度紧张、感冒、睡眠不足等原因引起，可以针对性做治疗。
1、过度紧张：在第1次怀孕时可能会处于比较紧张状态，还会引起头痛症状，需要及时放松心情缓解。
2、感冒：在怀孕之后免疫力比较低，受到冷空气刺激和病毒感染后，可能会出现感冒，还会引起头痛症状，最好在医生指导下使用板蓝根颗粒、氨酚黄那敏颗粒、清开灵口服液等。
3、睡眠不足：在怀孕前三个月时，如果孕吐比较严重，还会影响睡眠出现头痛，可以通过穴位按摩来缓解。
除以上原因，也可能是颈椎病导致，还需要到医院做检查治疗。