怀孕45天流褐色分泌物原因是孕酮偏低、胚胎质量差、宫外孕等，需要到医院做检查之后查明病因。
1、孕酮偏低：女性在怀孕45天时流褐色分泌物，有可能是因为黄体功能不足引起，可以遵医嘱服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、黄体酮胶丸等。
2、胚胎质量差：怀孕45天流褐色分泌物，有可能是因为精子和卵子质量比较差引起，会影响到胚胎质量，还需要遵医嘱口服保胎灵、保胎丸、安保片等。
3、宫外孕：女性怀孕45天流核磁分泌物有可能是宫外孕引起，还需要及时到医院做检查，可以通过手术做治疗。
除以上常见因素也可能是女性感染妇科疾病引起，可以到医院做检查治疗。