怀孕6周有褐色分泌物可能是因为子宫刺激、阴道炎症、先兆流产等原因，需要针对性的治疗。
1、子宫刺激：怀孕6周有褐色分泌物，可能是因为子宫的不断增大，引起了子宫黏膜刺激性出血，需要做好卫生护理工作，会逐渐的恢复。
2、阴道炎症：怀孕6周的时候，如果出现了阴道炎症，会引起阴道黏膜充血性破裂，会形成褐色分泌物，要配合医生消炎治疗，比如阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊、高锰酸钾溶液等。
3、先兆流产：在怀孕6周的时候，如果出现了先兆流产，通常会引起阴道的不规则出血，容易形成褐色分泌物，要配合医生保胎治疗，比如黄体酮胶囊、地屈孕酮片、黄体酮注射液等。
除了以上原因以外，也可能是因为子宫炎症、盆腔炎症等原因，要及时配合医生治疗。