孕囊小胎芽大可能是生理性因素、胚胎质量异常、孕囊染色体异常等。
1、生理性因素：孕囊是超声检查发现的认证标志，大小可能会有一定的差异，是正常范围内都有可能会表现为小幅度的波动，如果是正常的生理现象，不需要特殊的治疗，可以先观察。
2、胚胎质量异常：如果在怀孕期间出现了胚胎质量异常的状况，也有可能会与孕激素比较低及母体疾病有很大的关系，通常需要定期到复查。
3、孕囊染色体异常：如果发生了孕囊染色体异常的状况，也有可能会造成胎儿生长发育不良，还可能会对身体造成一定的影响。
除了以上因素，也有可能是饮食不当造成的，需要适当调整饮食。