巧克力囊肿是有可能影响怀孕的，具体因人而异。目前临床医学上对巧克力囊肿的具体病因并不十分明确，但认为是子宫内膜细胞异位种植或者是卵巢上皮细胞异常等原因造成的，不仅会引起腹部疼痛、痛经、月经异常等，有的还会出现性交不适，严重时还会造成不孕，比如同居两年以上，规律性生活，没有采取任何措施，却不能正常怀孕，这种发生率高达40%，所以是有可能影响怀孕的。
如果长时间不孕，建议尽快就医，了解实际病情后，在医生指导下治疗。