结肠炎艾灸穴位不同在身体的部位也不同，建议在专业医生操作下进行正确艾灸，避免烫伤。
通常情况下，结肠炎患者可以通过艾灸大肠俞穴、足三里穴、脾俞穴等穴位进行缓解症状。其中大肠俞在脊椎区的第四腰椎棘突下，后正中线旁开1.5寸，位于腰部的位置。足三里穴位于小腿外侧，犊鼻下3寸，胫骨旁1横指的位置。脾俞位于脊柱区，于人体背部的第十一胸椎棘突下，后正中线旁开1.5寸处，两侧各一的位置。
另外艾灸是可以通过艾绒艾炷等进行熏，主要指定位置可以起到活血行气，温经通络的功效。