脚趾甲不平整有波纹有可能是因为指甲营养不良所引起，也有可能是由于真菌感染所导致，要是还伴随着局部疼痛，就需要到医院就诊。
1、甲营养不良：甲营养不良是由于多种因素影响到甲母质的结构以及功能，使指甲的形状以及颜色出现异常，有可能是受到遗传以及先天性因素的影响，需要到医院的皮肤科做检查，可以在医生指导下注射曲安奈德或者是涂抹他克莫司软膏做治疗，在用药治疗期间，需要定期到医院复查，症状缓解之后就需要减少药物的使用量。
2、真菌感染：指甲真菌感染一般是指灰指甲，具有一定的传染性，通常是因为指甲部位受到念珠杆菌感染，或者是皮肤癣菌感染所引起，指甲的颜色以及形状会发生变化，可以配合医生涂抹酮康唑软膏或者是克霉唑软膏做治疗，同时也需要口服伊曲康唑胶囊做抗真菌处理。
在日常生活中需要做好局部的清洁卫生，不要同家人共同使用洗脚盆或者是毛巾，也不要用手抓挠，避免损伤到局部的皮肤组织引发局部感染，饮食方面也要有所调整，不可以吃辛辣刺激性的食物。