指甲盖凹凸不平可能是由于指甲被真菌感染引起的，也可能是缺铁性贫血造成的，还可能是有银屑病的原因引起的。建议明确病因之后，根据医生指导使用药物的方式进行治疗。
真菌感染的患者可以使用抗真菌的药物进行治疗。在日常生活当中还要注意个人的卫生，尽量避免与家人共用毛巾造成交叉感染。缺铁性贫血造成的指甲盖凹凸不平，可以通过静脉补充铁剂等方式进行治疗。银屑病造成的指甲盖凹凸不平，可以在医生的指导下使用药物的方式进行治疗，在日常还应当注意避免精神紧张。