宝宝灌肠镇静剂可能会出现消化不良、腹痛、腹泻、腹胀、呕吐等症状，如果是直肠用药，可能出现肠黏膜出血。
宝宝灌肠通常是为了帮助宝宝排气或排便，通常是利用溶液在肛门部位灌进去，然后进入结肠或直肠，可能会用到镇静剂作为辅助药物，使用后通常会影响肠胃功能，导致食欲下降、腹痛等症状，如果直肠用药量较大，在药物刺激下，会出现便血，还会导致营养液流失，严重时会出现肛门括约肌松弛。
宝宝灌肠通常是直肠给药，只要在医生指导下操作，通常伤害比较小，不会导致很大影响。