睡醒后耳朵后面疼头疼一般是生理性因素、感冒、扁桃体炎等导致，可以根据不同原因进行针对性的治疗。
1、生理性因素：可能是睡觉时间过长，或者是局部受到压迫引起，属于正常生理现象，不需特殊治疗。
2、感冒：可能是不注意保暖，导致身体受凉引起，需要在医生指导下使用氨咖黄敏胶囊、风寒感冒颗粒等药物治疗，可以起到抗病毒效果，加快身体恢复。
3、扁桃体炎：部分患者是抽烟、喝酒等不良生活习惯造成，需要在医生指导下使用注射用头孢呋辛钠、注射用阿莫西林钠舒巴坦钠等消炎药物治疗，可有效缓解症状。
除此之外，还有可能是颈椎病等引起，需要到正规医院检查身体，在医生指导下对症治疗。