三年前药流没流干净是否会影响怀孕需要根据个人的情况来决定，并不是完全固定不变。
如果患者以前做过药物流产没有流干净，如果及时给予清宫治疗，没有发生宫腔感染，通常不会影响到下次的怀孕。但是对有些患者在做完药流手术之后局部存在残留，长时间对宫腔产生刺激很容易会引起宫腔炎症或者是输卵管炎症，严重时还会使输卵管发生堵塞，影响到卵子的排出，也会对怀孕产生一定的影响。
如果患者准备备孕，需要及时到医院做B超和各方面的检查，了解自身的健康状况。