牙齿根部有黑色的牙石可能是不注意口腔卫生、牙周病、龋齿等原因引起，需要根据原因对症治疗。
1、不注意口腔卫生：平时不注重口腔内的卫生、不爱刷牙等原因，可能会引起口腔内出现食物堆积，食物产生发酵后会滞留在牙齿上，长久会形成黑色的牙结石。
2、牙周病：牙周病也会导致牙齿根部有黑色的牙齿，经常抽烟会对牙周形成一定的刺激性，容易造成黑色素堆积，还会引起慢性炎症。
3、龋齿：牙釉质不好、爱吃甜食等原因会腐蚀牙齿，容易形成龋齿，导致牙根发黑，并伴随着有牙洞。
可以到专业的医院进行超声波洗牙，并且建议根管治疗。