肛门两侧红肿疼痛有可能是因为肛门湿疹、肛裂、肛窦炎的原因所引起出现这种症状，需要到医院去做检查确诊病因之后治疗。
1、肛门湿疹：如果在生活当中，肛门部位出现湿疹的症状不排除，比如丁酸氢化可的松乳膏、高锰酸钾坐浴的方法来进行治疗。
2、肛裂：在肛裂发作期间有可能是因为长时间便秘的原因所引起，不排除在大便的时候出现肛门部位红肿以及疼痛的情况发生，可以在医生的嘱托下通过利多卡因胶浆、甲硝唑片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。
3、肛窦炎：在肛窦炎发作期间，有可能会引起患者的肛门部位两侧出现疼痛和红肿的症状，也有部分患者还会出现肛管部位出现坠感以及肛门瘙痒，可以在医生的指导下通过药物治疗，比如头孢氨苄片、痔疮栓、槐角丸等药物进行治疗。