手指甲根部凹凸不平可能是由于营养不良、甲周疾病、受到外伤等因素所导致。
1、营养不良：如果长时间挑食或偏食导致体内营养缺乏，比如缺乏维生素微量元素等等，就有可能会影响到甲母质细胞功能，导致甲板蛋白出现异常出现指甲有凹凸不平现象。平时要养成良好生活习惯，增加营养，可以多吃一些富含蛋白质和维生素食物。
2、甲周疾病：通常包括下甲周边湿疹、银屑病等等，也有可能会影响到甲母质细胞功能，可能会导致甲板异常，出现凹凸不平现象。如果是真菌感染所引起的，可以使用抗真菌药物，比如酮康唑软膏。
3、受到外伤：如果指甲受到外伤，比如砸伤或者是咬伤，也会导致指甲根部有凹凸不平。平时要做好局部护理措施，注意个人卫生，可以使用碘伏擦拭，防止发生感染能够帮助恢复。