半夜肝区疼痛可能是胆囊因素、胃肠道因素，不排除可能是肝脏等造成。
1、胆囊：如果患者本身患有胆囊疾病，例如胆囊炎，也有可能是胆结石，夜间迷神走神经兴奋可能会促进胆囊收缩，诱发胆囊炎，引起肝区疼痛。
2、胃肠道：胃肠道一般指可能会患有十二指肠溃疡、胃溃疡、结肠炎等，当胃酸、炎症因子刺激胃肠道黏膜可能会经过神经传导、放射至肝区引起疼痛。
3、肝脏：患有病毒性肝炎、酒精肝，也有可能是肝肿瘤等肝脏疾病，在炎症、病变刺激肝脏包膜时，可能会造成肝脏包膜张力增加，诱发肝区疼痛。