发烧腹泻，头疼，可能是由于生理性因素或者病理性因素导致的。
1、生理性因素：如果患者长期过度劳累或者饮食不当，可能会导致身体免疫力下降，引起细菌、病毒侵入身体，当病原体作用于颅脑时，引起体温调节中枢紊乱，出现头疼发烧等现象，当病原体作用于胃肠道时，可能会导致胃肠道痉挛，使胃肠道蠕动加快出现腹泻的情况。
2、病理性因素：当细菌、病毒病原体感染，可能会导致急性胃肠炎，由于炎症的刺激导致胃肠蠕动加快，出现腹泻的现象，如果感染的症状比较严重，病原体随血液进入到脑血管，导致脑部血管收缩，影响身体体温的调节中枢，使患者出现头疼的现象，建议在医生的指导下使用蒙脱石散以及奥美拉唑肠溶胶囊等药物进行治疗。