小便时有褐色的分泌物可能是因为过度劳累、尿道炎症、尿道结石等原因，要及时做针对性的治疗。
1、过度劳累：过度劳累的状态，可能会导致泌尿系统黏膜破损性出血，会引起尿液和血液混合，会形成褐色分泌物，这是属于正常的现象，可以不采取特殊的处理。
2、尿道炎症：尿道部位如果出现了病原菌感染，引起了炎症性病变，导致尿道黏膜处在充血的状态，可能会引起尿道黏膜破损性出血，会引起褐色分泌物。要配合医生口服阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊、头孢拉定胶囊等。
3、尿道结石：尿道结石在反复摩擦的过程中会引起黏膜破损性出血，会形成褐色分泌物，配合医生通过激光碎石的方法治疗。
除了以上原因，也有可能是出现了膀胱炎症、肾脏炎症、肾脏结石等原因，要配合医生明确原因治疗。