手指甲上有坑可能是营养不良、甲沟炎、受到挤压等多种原因所造成的，可以根据个人的原因做针对性的调整。
1、营养不良：长时间营养不良有可能会影响到指甲的营养供应，也会导致指甲出现有坑。一般可以通过饮食的方法调整，需要做到营养均衡和合理膳食。
2、甲沟炎：甲沟炎主要是由于受到真菌感染所引起的，也会导致指甲出现增厚或者是分离，甚至还会出现有坑，需要通过使用抗真菌的药物治疗，比如复方酮康唑软膏、克霉唑软膏、复方硝酸咪康唑软膏等药物调整。
3、受到挤压：如果手部的指甲受到了外地的撞击或者是磕碰，也有可能会出现有坑，通过指甲的增长会慢慢的恢复。
除了以上比较常见的原因之外，也可能是受到碱性刺激所导致的，需要到医院通过进一步的检查确定。