靶向治疗和化疗大多数治疗原理不同、效果不同、副作用不同，通常可以用于治疗恶性疾病。
1、原理不同：靶向治疗一般可以对肿瘤细胞分子生物学特征靶向发挥作用，通常可以起到良好杀死肿瘤细胞作用，相对于目标性比较强和极具针对性。化疗主要通过破坏肿瘤细胞DNA结构以及功能，同时可以起到抑制生长和复制以及分裂作用，可以使肿瘤失去生长能力。
2、效果不同：靶向治疗期间通常可以针对识别肿瘤物质去产生作用，并不会导致人体正常细胞被杀死。放疗杀死肿瘤细胞，同时也会杀死人体正常细胞。
3、副作用不同：哪项治疗目标性比较强，对人体副作用相对比较偏小。化疗期间相对于副作用比较严重。