非典型鳞状细胞可通过一般治疗、药物治疗、手术治疗等方法治疗，要根据个人情况选择一些合理的方法。
1、一般治疗：如果非典型鳞状细胞活检组织病理结果低级别病变，需要观察随访，生活中加强锻炼，提高身体免疫力，有助于清除体内HPV。
2、药物治疗：非典型鳞状细胞患者在观察随访期间还要遵从医嘱口服抗病毒药物治疗，比如更昔洛韦片、阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等。
3、手术治疗：宫颈活检组织病理结果为高级病变，需要进行手术治疗，可根据患者年龄有无生育要求进行宫颈锥切术或者是子宫全切术。
除了以上治疗方法之外，也可以进行激光治疗，在经过治疗之后还需要定期复查。