每天凌晨三至五点胃疼可能是由于胃炎、十二指肠溃疡、胃痉挛等原因造成的，建议患者及时到医院就医治疗，明确病因病情后，积极配合医生治疗。
1、胃炎：通常是由于不良的饮食习惯导致的，可能会造成胃酸分泌过多，刺激胃黏膜，需要遵医嘱口服养胃舒胶囊、奥美拉肠溶胶囊等药物治疗。
2、十二指肠溃疡：及临床症状为出现饥饿痛感，常并发于凌晨，多半会伴随吃饭时胃部疼痛的症状，可以在医生的指导下口服法莫替丁片、西咪替丁片等药物治疗。
3、胃痉挛：长时间饮食不规律，可能会导致胃痉挛，在凌晨胃部属于空腹状态，会导致胃壁收缩出现胃痉挛，需要在医生的指导下口服硫酸阿托品片、颠茄片等药物治疗。
除上述病因以外，有可能是胆囊结石等原因导致，需要做及时的治疗。