肠易激综合征容易与慢性肠炎、溃疡性结肠炎、结肠息肉等疾病混淆，需要根据不同的病因对症治疗。
1、慢性肠炎：肠易综合征属于肠道的功能障碍性病变，发病几率比较低，可能和慢性肠炎的症状相似，容易引起混淆，慢性肠炎的发病几率比较高，可以在医生指导下口服东莨岩碱片、蒙脱石散等药物来进行治疗。
2、溃疡性结肠炎：结肠黏膜受损后会引起溃疡性结肠炎，肠易综合征也可能会和溃疡性结肠炎进行混淆，需要遵医嘱口服铝碳酸镁咀嚼片、硫糖铝咀嚼片等药物能够促进溃疡的修复。
3、结肠息肉：结肠息肉会导致结肠部位出现占位病变，并且会伴随着便秘和腹泻交替，肠易综合征也可能会引起上述症状，两种病情比较相似，容易引起误诊，可采取腹腔镜手术、微创手术等方法来切除息肉。
除此之外还容易和肿瘤等病变容易混淆，需要及时到医院进行检查。