慢性扁桃体炎多由急性扁桃体炎反复发作或因扁桃体隐窝引流不畅，窝内细菌、病毒滋生感染而演变为慢性炎症。链球菌和葡萄球菌为本病的主要致病菌。屡发急性扁桃体炎使隐窝内上皮坏死，细菌与炎性渗出物聚集其中，隐窝引流不畅，导致本病的发生和发展，也可继发于猩红热、白喉、流感、麻疹、鼻腔及鼻窦感染。
病人常有咽痛，易感冒及急性扁桃体发作史，平时自觉症状少，可有咽内发干、发痒、异物感、刺激性咳嗽等轻微症状。若扁桃体隐窝内潴留干酪样黄色物或由大量厌氧菌感染，则出现口臭。小儿扁桃体过度肥大，可出现呼吸不畅、睡眠时打鼾、吞咽或言语共鸣的障碍。由于隐窝脓栓被咽下，刺激胃肠，或隐窝内细菌、毒素被吸收引起全身反应，导致消化不良、头痛、乏力、低热等。
慢性扁桃体炎有以下四项重要体征：1、扁桃体隐窝口或黏膜下有脓点，挤压扁桃体可有干酪样物或脓液溢出;2、腭舌弓慢性充血，黏膜呈暗红色;3、扁桃体表面可见瘢痕，凹凸不平，常与周围组织粘连;4、下颌角淋巴结肿大。