先天性生殖器官畸形可以通过观察、药物治疗、手术治疗等方式进行改善。
1、观察：如果先天性生殖器官畸形并不是特别严重，没有影响正常的生育功能以及性生活是不需要进行特殊治疗的，只要定期去医院进行各项检查结果。
2、药物治疗：如果是男性雌孕激素分泌过多导致阴茎短小或者女性雄性激素分泌过多，伴随着阴蒂肿大等外生殖器官畸形，可以在医生指导下使用相应的激素药物进行治疗。
3、手术治疗：如果先天性生殖器官畸形比较严重，必要的时候需要通过手术切除的方式进行改善。
除了以上治疗方式以外，在平时也要注意个人卫生。