多发性甲状腺结节囊肿的治疗方法一般可以选择药物治疗和手术治疗，这是比较常规的治疗方式，能帮助患者的疾病逐渐有所好转。
多发性甲状腺结节囊肿在早期的时候不是特别严重，也没有迅速长大，以及对周围产生压迫的情况，可以先根据医生指导使用药物治疗，主要是一些具有消炎作用的药物，比如头孢克肟颗粒和阿莫西林胶囊等，能使患者的病情得到有效好转。
如果多发性甲状腺结节囊肿比较严重，需要进入手术治疗，在手术的时候会把囊肿切除掉。