脚底起小水泡脱皮的治疗方法主要是通过抗过敏药物、抗菌药物、抗病毒药物等。
1、抗过敏药物：如果是过敏引起的症状，需要遵医嘱合理使用一些抗过敏药物进行治疗，比如盐酸西替利嗪片、氯雷他定片、氯雷他定分散片等。
2、抗菌药物：如果是真菌感染引起的，起小水泡脱皮，需要进一步使用真菌药物进行治疗，比如克霉唑软膏、酮康唑乳膏、复方酮康唑软膏等。
3、抗病毒药物：在受到了疱疹病毒感染之后，也会引起脚底局部出现小水泡脱皮，需要遵医嘱或者使用抗病毒药物进行治疗，比如阿昔洛韦软膏、利巴韦林胶囊、阿昔洛韦片等。
除了以上治疗方式以外，也要注意皮肤清洁。