长时间跑步后膝盖疼有可能是由于乳酸沉积、韧带损伤、肌肉拉伤等原因造成的，要根据病因进行治疗。
1、膝盖部位出现大量乳酸沉积的情况：长跑后，症状会逐渐好转，会出现刺激性的疼痛。
2、韧带损伤：在长跑过程中，如果造成韧带拉伤，可能会出现疼痛的症状，药物治疗可以选择阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊、布洛芬胶囊等。
3、肌肉拉伤：在跑步过程中，如果姿势不正确，就会伴有肌肉拉伤，导致局部血液循环不佳，容易出现刺激性胀痛，可在跑步过程中使用云南白药气雾剂、红花油、活血止痛膏等药物。
除了以上原因外，还可能是骨质增生、骨关节炎等原因，要及时就医治疗。