重症手足口病可能会出现明显的后遗症，会导致局部皮肤发生红肿、疼痛等，会影响到正常的肢体障碍，需要配合医生治疗，通常需要在医生指导下通过使用抗病毒药物进行改善，比如阿昔洛韦、炉甘石洗剂等。严重手足口病引起脑炎或脑膜炎，需要及时通过使用激素类药物治疗，比如强的松或者是地塞米松等，促进症状好转。
重症手足口病后遗症，多数是因为患有手足口病的患者没有得到正确的治疗，导致少量的病毒残留在神经系统后引起的一系列症状。在恢复期间需要多注意休息，避免过度劳累。