扁平疣是感染了HPV病毒引起的，这一病毒性皮肤疾病的传染率很高，不及时治疗还可能会增加宫颈癌的发病率，去除扁平疣的方法中常见的有激光法，冷冻治疗法，药物去除。
一、激光治疗去除
眼部扁平疣的治疗方法很多，激光治疗法就是其中的一种。激光治疗眼部扁平疣的原理是应用激光仪产生的高强度的光束，而对扁平疣进行很好的治疗，治疗完后，最大的好处是，没有疤痕的印记，所以利用激光治疗眼部扁平疣是很多人采用的治疗眼部扁平疣的方法。
二、冷冻治疗去除
冷冻治疗是利用能够引起低温的物质致冷剂作用在病变的组织，使其发生坏死、脱落而达到治愈。致冷剂有多种，目前最常用的是液体氮。冷冻治疗适用于寻常的扁平疣的去除，包括去除眼部扁平疣。
三、药物去除
眼部扁平疣还可以通过药物治疗进行去除，外用药物可采用维a酸软膏、咪喹莫特软膏等治疗。也可通过内服中药进行治疗，严重者可口服异维a酸胶囊治疗。 注意：抗病毒药物为处方药，需有医生处方才能购买，并且必须在医生指导下进行使用。
四、偏方去除
香附外洗方 用香附、板蓝根各30克，木贼10克，用水煎煮后晾温外洗患处，每天洗一次，连续洗2-3周，可以用于治疗因风热客于肌肤所导致的扁平与。 地肤子外洗方 将150克地肤子，用1000毫升水煎煮浓缩至300毫升后过滤去渣，然后加入50克白矾，待白矾融化冷却后状瓶备用。使用时用棉球蘸药涂抹于患处，并稍用力涂搽，使局部红润为度，注意不要漏掉每一处患处，每日搽药3-6次，治疗期间禁止使用化妆品。
薏苡仁外洗方 将薏苡仁30克，制香附、木贼草各20克，加水600毫升，浸泡20分钟后，用大火煮沸后再以文火煮30分钟，待水温后，用蘸洗患处，注意洗搽时稍用力，使药物能够渗入皮肤，每次洗10分钟左右，每日2次，连续20天左右即可是疣体苦味，渐渐脱落。 红花茜草酒 用红花15克，茜草15克，75%的酒精200毫升，将红花、茜草浸泡于酒精中，瓶口密闭，每日摇动数次，1周后，取酒精外擦患处，每日2-3次。 薏仁粥 用薏苡仁50克，煮熟至薏仁裂开为度，加白糖少许，将薏仁连汤一起服下，每日1剂，儿童了酌情减量，多数可于7-10剂后疣快即可脱落。
五、眼部扁平疣注意事项
1、眼部扁平疣患者应当注意保持局部干燥清洁，避免用手抠抓局部病灶部位，防止疣体破裂病毒感染至其他区域。 2、眼部扁平疣患者的机体免疫力较常人低下，平时应当注意适当锻炼，调整饮食，提高免疫力。