想要治疗克罗恩，首先就要对这些疾病进行正确的诊断，而常见的诊断方法，就是通过临床上的疑似表现进行诊断，或者是加上活检提示CD的特征性改变排进而除肠结核。
①具备临床表现者可临床疑诊,安排进一步检查；
②同时具备结肠镜或小肠镜(病变局限在小肠者)特征以及影像学(CTE或MRE，无条件者采用小肠钡剂造影)特征者，可临床拟诊；
③如再加上活检提示CD的特征性改变且能排除肠结核，可作出临床诊断；
④如有手术切除标本(包括切除肠段及病变附近淋巴结)，可根据标准作出病理确诊；
⑤对无病理确诊的初诊病例，随访6～12个月以上，根据对治疗反应及病情变化判断，符合CD自然病程者，可作出临床确诊。如与肠结核混淆不清但倾向于肠结核者应按肠结核作诊断性治疗8～12周，再行鉴别。