胆管结石患者的治疗需要综合进行，因为除了使用一些基本的药物治疗控制之外，如果病情严重的话，那么是需要进行手术的治疗，手术的方式有两种一种是开腹手术，还有是通过内镜取石。
1、肝内胆管结石病的治疗仍是肝胆外科需要研究的重要课题之一，该病的治疗原则是解除梗阻、祛除病灶和通畅引流。这三方面紧密相连，缺一不可，解除结石和/或狭窄的梗阻是手术治疗的关键;祛除病灶是手术治疗的核心，同时又常是解除梗阻的重要手段;而通畅引流则是防止感染复发和结石再生的措施，但又必须以解除梗阻和祛除病灶为前提。非手术治疗只有在完成了上述三个基本要求后才能奏效。
2、 肝外胆管结石目前仍以手术为主。手术方式有两种，一种为常说的开腹手术，另一种则是通过内镜取石。
3、而肝内胆管结石则需要以手术方法为主的综合治疗。但由于科技水平、医疗器械发展水平的限制，医生对肝内结石没有好的方法，只能切开肝组织取石，并将肝内胆管与胆管吻合，而肝内胆管较细，故吻合口小，难免出现吻合口梗阻，因此治疗亦不确切。再者切除因胆管结石造成梗阻区域的肝组织，无论是切开或切除肝脏对人体损伤均较大。