肠结核这个疾病在消化系统结核里面是最常见的，一般患有肺结核的患者很大机会会患上这个肠结核。肠结核的治疗方法是比较成熟的，不过需要的治疗周期相对长一些。
肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合及防止并发症发生，肠结核早期病变是可逆的，因此应强调早期治疗;如果病程已至后期，即使给予合理足时的抗结核药物治疗，也难免发生并发症。
1.休息与营养：机体抵抗力的降低是结核发生，发展的重要因素，因此合理的休息与营养应作为治疗的基础，以增强机体的抵抗力，对活动性肠结核须卧床休息，积极改善营养，必要时宜给静脉内高营养治疗。
2.抗结核化学药物治疗：
初次抗结核治疗方案：2HRZE/10HRE，一般疗效至少一年以上，抗耐药结核治疗方案，强化期6个月，巩固期18月。全程口服吡嗪酰胺，根据药敏选择抗结核药物，联合用药，通常6种抗结核药物。
药物临床运用应坚持早期，联用，适量，规律和全程使用敏感药物的原则，化疗方案视病情轻重而定，一般用异烟肼与利福平两种杀菌药联合，在治疗开始1～2周即有症状改善，食欲增加，体温与粪便性状趋于正常，对严重肠结核，或伴有严重肠外结核者宜加链霉素或左氧氟沙星，对氨基水杨酸联合使用。
3.手术：适应手术只限于并发症的治疗，包括以下各种情况：
(1)结核溃疡发生穿孔。
(2)限局性穿孔伴有脓肿形成或瘘管形成。
(3)瘢痕引起肠狭窄或肠系膜缩短，造成肠扭曲。
(4)局部的增殖型结核引起部分肠梗阻。
(5)肠道大量出血经积极抢救不能满意止血者，手术前及手术后均需进行抗结核药物治疗。