直肠粘膜脱垂的治疗要注意正确的方法，其中有非手术治疗以及手术治疗，但是不同的症状，手术方式是不相同的，而手术之后一定要注意休息，减少活动，加快愈合。
1、非手术治疗
幼儿直肠脱垂多可自愈，故以非手术治疗为主。即随着小儿的生长发育，骶骨弯曲度的形成，直肠脱垂将逐渐消失。如纠正便秘，养成良好的排便习惯。排便时间应缩短，便后立即复位。如脱出时间长，脱垂充血、水肿，应取俯卧位或侧卧位，立即手法复位，将脱垂推入肛门，回复后应做直肠指诊，将脱垂肠管推到括约肌上方。手法复位后，用纱布卷堵住肛门部，再将两臀部用胶布固定，暂时封闭肛门，可防止因啼哭或因腹压增高而于短期内再发。若患病时间较长，使用上述方法仍不见效，可用注射疗法。方法：将5%石炭酸植物油注射于直肠粘膜下或直肠周围一圈，分4～5处注射，每处注射2ml，总量10ml。注射途径可经肛门镜在直视下将药物注射到粘膜下层，使粘膜与肌层粘连;或经肛周皮肤，在直肠指诊下做直肠周围注射，使直肠与周围粘连固定。
2、手术治疗
成人不完全脱垂或轻度完全脱垂，若括约肌张力正常或稍弱，可行类似三个母痔切除术或胶圈套扎治疗，也可使用硬化剂注射治疗。若括约肌松弛，可考虑做肛门环缩小术或括约肌成形术。成人完全型直肠脱垂的治疗以手术为主，手术途径有经腹部、经会阴、经腹会阴及骶部4种。手术方法较我，但各有其优缺点及复发率，没有哪一种手术方法可用于所有的患者，有时对同一患者需要用几种手术方法。
3、患有直肠脱垂一定要注意休息，劳逸结合。术后恢复的1～2周内，病人应减少活动，静躺休息，对术后彻底康复极为有利，大家应特别注意才行。如果术后患者活动加强或做其它运动可使腹压增加，使治疗面分离，可并发出血等。