森林脑炎的症状，患者会出现发热，或者是伴有头痛，全身肌肉疼痛以及食欲缺乏，恶心、呕吐的症状，同时有的患者可表现为意识障碍，精神损害等这些症状。
（1）发热一般起病2～3天发热达高峰（39.5℃～41℃），大多数患者持续5～10天，然后阶梯状下降，经2～3天下降至正常。热型多为稽留热，部分患者可出现弛张热、双峰热或不规则热。
（2）全身中毒症状高热时伴头痛、全身肌肉痛、无力、食欲缺乏、恶心、呕吐等，并由于血管运动中枢的损害，患者还可出现面部、颈部潮红，结膜充血，脉搏缓慢。部分重症患者有心肌炎表现，常有心音低钝、心率增快、心电图检查有T波改变。严重患者可以突然出现心功能不全，急性肺水肿等。
（3）意识障碍和精神损害约半数以上患者有不同程度神志、意识变化，如昏睡、表情淡漠、意识模糊、昏迷，亦可出现谵妄和精神错乱。
（4）脑膜受累的表现最常见的症状是剧烈头痛，以颞部及后枕部持续钝痛多见，有时为爆炸性和搏动性，呈撕裂样全头痛，伴恶心、呕吐、颈项强直、脑膜刺激征。一般持续5～10天，可和昏迷同时存在，当意识清醒后，还可持续存1周左右。
（5）肌肉瘫痪以颈肌及肩胛肌与上肢联合瘫痪最多见，下肢肌肉和颜面肌瘫痪较少，瘫痪多呈弛缓型，此与乙型脑炎不同。一般出现在病程第2～5天，大多数患者经2～3周后逐渐恢复，少数留有后遗症而出现肌肉萎缩，成为残废。由于颈肌和肩胛肌瘫痪而出现本病特有头部下垂表现，肩胛肌瘫痪时，手臂呈摇摆无依状态。
（6）神经系统损害的其他表现部分患者出现锥体外系统受损征，如震颤、不自主运动等。偶尔可见语言障碍、吞咽困难等延髓麻痹症状，或中枢性面神经和舌下神经的轻瘫。