食管气管瘘的发生，造成的影响和伤害是比较大的，而为了能够更加有效的降低其产生的影响和伤害，那么需要注意正确的治疗方法，根据病情作瘘管修补，切除和食管重建。
1、从气管至肺泡的呼吸器官，最先是从前肠(后来发展为食管部)腹侧壁呈沟状凹陷(肺沟lung gro-ove)开始发生。稍后一些时期，以食管-气管间的开口被从后方延伸来的食管气管中隔全部闭锁，仅保留有喉头部分。如果这种闭锁不完全，在喉头以外的部位便留下气管食管间的通口，称此为食管气管瘘。
2、食管和呼吸道在发生过程中均起源于胚胎原肠的前肠。原始食管位于呼吸器官的后方。原肠分前肠、中肠和后肠三个部分。在早期，原肠的头侧和尾侧均闭锁。胚胎发生的第3周末，原肠头侧的咽膜破裂，使前肠与口窝相通。随着心脏向下方移位，食管的长度迅速增加。胚胎发生第21~26日，前肠的两侧呈现喉气管沟，继而上皮生长形成食管气管隔，将食管与气管分隔开。如食管与气管未完全分开，两者管腔相通则形成食管气管瘘。食管气管隔向后偏位或前肠上皮向食管腔生长过度则形成食管闭锁。此外，在食管发育的早期，部分前肠细胞自食管分离出来，并继续生长，则可形成食管重复畸形，大多表现为靠近食管壁的囊肿，有的囊肿与食管腔沟通。
3、宜早期进行手术治疗，根据病情作瘘管修补，切除和（或）食管重建，并做短期胃造瘘术。以便饲食和控制吸入性肺炎。预后较好，但术后应注意随访观察，部分患者可能因合并食管下段括约肌关闭不全后逆蠕动等原因，仍会发生反复呼吸道感染，宜采用头高位睡眠和喂食。