直肠息肉是直肠良性肿瘤的一种，临床上诊断的直肠息肉病例也是非常多的，由此可见，直肠息肉的形成原因也是大有不同的。大多数的直肠息肉都是因为饮食习惯或者生活习惯，同时遗传也有可能。
(1)饮食因素：饮食因素与直肠息肉的形成有一定关系，特别是细菌和胆酸相互作用，可能是腺瘤性息肉形成的基础。
(2)遗传因素：一般认为，息肉形成与基因突变和遗传因素有密切关系，从目前研究情况表明，突变基因可以由父母遗传给后代子女，在遗传机会上男女是均等的，没有性别的差异。除了家族性息肉病或溃疡性结肠炎恶变的引起的结直肠癌患者外，在其他结直肠癌患者中，约有5-10%的患者有明显的家族肿瘤史，统称为遗传性非家族息肉病
(3)炎症刺激：直肠粘膜长期被炎症刺激；可引起肠粘膜的息肉生成，这是由于肠粘膜的炎症充血水肿，糜烂溃疡愈合之后，导致疤痕逐渐收缩，形成息肉状，又由于慢性炎症刺激，致腺体阻塞，粘液储留而发病。息肉源于炎症的称炎性息肉；粘膜呈增生性改变的无蒂结节称增生性息肉；由肠上皮生长的有腺瘤性息肉绒毛乳头状腺瘤息肉，此类息肉容易恶变。
(4)粪便、异物刺激和机械性损伤；粪便粗渣和异物长期刺激肠粘膜上皮，以及其它原因造成直肠粘膜损伤，使细胞出现异常增生，形成息肉。