在对虾的养殖过程当中，是比较害怕蓝藻的，一旦出现蓝藻，往往会导致对虾出现生病，甚至出现大量死亡的情况，所以说一定要及时的预防蓝藻，可以采取一些措施，避免因为蓝藻的原因造成对虾死亡，造成经济方面的损失。比如说要科学的投喂，要以菌促藻等等方法加强预防。
一、蓝藻的危害高位池中的蓝藻爆发，当中的微囊藻与颤藻常在水面形成一层翠绿色的水华，这种现象被养殖户称为“水华”。蓝藻不仅南美白对虾不能摄食，还会阻碍空气中氧向水中扩散，夜间大量消耗水中的溶解氧，容易使南美白对虾应激、中毒、缺氧而偷死，当密度达50万个群体/升时，会大量死亡，尸体分解的藻毒素，有毒羟胺、硫化氢等危害南美白对虾。另外，湖北荆州水产研究所高级工程师蔡增山认为，对虾早期死亡综合症（EMS)是造成对虾养殖成功率低的主要原因，而对虾早期死亡综合症往往伴生蓝藻爆发，蓝藻爆发是对虾早期死亡综合症诱因之一。二、蓝藻产生的原因
（一）气候影响水温在28-30℃，蓝藻生长速度最快，超过25℃就会明显快于其它藻类。这也是蓝藻往往在春秋二季爆发的原因。再加上高位池面积较小，微风有利于藻类的聚集，强烈的光照，也有利于藻类的光合作用，加速蓝藻分裂生长。
（二）种苗密度放养不合理高位池养殖南美白对虾是高密度精养模式，养殖密度过大，超过水体的承载能力，同时长期大量投饵产生的残饵含有大量的磷元素，南美白对虾的大量排泄物和浮游微生物死亡后尸体的积累，为蓝藻的大量繁殖，提供了丰富的营养盐类，经一段时间后蓝藻就抑制了有益藻类的生长。
（三）管理不当广大养殖户培训和受教育程度普遍较低，所用的技术停留于旧经验，误把蓝藻爆发的水华当做优良水质水色，导致养殖过程缺乏科学性，错过最佳处理时机，增大EMS发生率。