脚底小肠反射区疼痛多数是过度劳损、足底筋膜炎、小肠病变等，原因有很多种，每个人的原因都会不一样，需要到医院检查之后才可以确定。
1、过度劳损：脚底小肠反射区疼痛，可能是在平时生活当中经常做负重的劳动以及剧烈运动，对于脚底部位产生了劳损，可以适量按摩和热敷。
2、足底筋膜炎：脚底小肠反射区疼痛，有部分患者是在生活当中足底的筋膜部位出现了炎症刺激引起的，可以根据医生指导服用头孢克肟颗粒和阿莫西林胶囊等药物。
3、小肠病变：如果小肠内长时间受到刺激后出现了溃疡或者是病变之后，也会反射到脚底部位，有疼痛的情况要到消化内科去做诊治，然后选择手术治疗。
除了以上这些因素之外，也有一部分患者是骨质疏松症。