肛门两侧长小颗粒一般是湿疹、过敏、尖锐湿疣等。
1、湿疹：肛门的部位如果出现了湿疹，可能也会产生小颗粒，而且还会伴随着瘙痒，一般可以选择高锰酸钾进行清洗处理。
2、过敏：如果个人属于过敏性体质，肛门的部位出现了过敏，也会有小颗粒，遵循医嘱使用盐酸西替利嗪片、氯雷他定片等药物治疗。
3、尖锐湿疣：如果受到了人乳头瘤病毒感染，肛门的部位也会出现小颗粒，可能需要通过激光冷冻。
除了以上原因以外，也有可能是出现了痔疮，可以到医院做检查。