低聚糖作为一种食物配料，其对人体的好处还是有很多的，比如改善人体内为生态环境、降低血液中胆固醇、适合高血糖人群食用、防止龋齿等等。低聚糖广泛运用在多种乳制品和乳酸菌饮料当中，因为它对人体的好处是非常多的，并且还可以调节免疫机能等等。
低聚糖的保健作用
（1）改善人体内微生态环境，有利于双歧杆菌和其它有益菌的增殖，经代谢产生有机酸使肠内pH值降低，抑制肠内沙门氏菌和腐败菌的生长，调节胃肠功能，抑制肠内腐败物质，改变大便性状，防治便秘，并增加维生素合成，提高人体免疫功能。
（2）低聚糖类似水溶性植物纤维，能改善血脂代谢，降低血液中胆固醇和甘油三酯的含量；
（3）低聚糖属非胰岛素所依赖，不会使血糖升高，适合于高血糖人群和糖尿病人食用
（4）由于难被唾液酶和小肠消化酶水解，发热量很低，很少转化为脂肪；
（5）不被龋齿菌形成基质，也没有凝结菌体作用，可防龋齿。
因此，低聚糖作为一种食物配料被广泛应用于乳制品、乳酸菌饮料、双歧杆菌酸奶、谷物食品和保健食品中，尤其是应用于婴幼儿和老年人的食品中。在保健食品系列中，也有单独以低聚糖为原料而制成的口服液，直接用来调节肠道菌群、润肠通便、调节血脂、调节免疫等。
低聚糖很难或不能被人体消化吸收，所提供的能量值很低或根本没有，这是由于人体不具备分解消化低聚糖的酶系统。一些功能性低聚糖，如低聚异麦芽糖、低聚果糖、低聚乳果糖有一定程度的甜味，是一种很好的功能性甜味剂，可在低能量食品中发挥作用，如减肥食品、糖尿病患者食品、高血压病人食品。
生理功能
低聚糖很难或不会被人体消化吸收，因此，它所提供的能量值很低或根本没有，可在低能量食品中发挥作用，最大限度地满足那些喜爱甜食又担心发胖者的要求，还可供糖尿病人、肥胖病人食用。
活化肠道内双歧杆菌并促进其生长繁殖双歧杆菌是人体肠道内的有益菌，其菌数会随年龄的增大而逐渐减少。肠道内双歧杆菌的多少成了衡量人体健康与否的指标之一。随着医学科学的迅勐发展，广谱和强力的抗生素广泛应用于治疗各种疾病，使人体肠道内正常的菌群平衡受到不同程度的破坏。因而，有目的地增加肠道内的有益菌数量就显得十分必要。摄取双歧杆菌制品固然简便可靠，但这类产品从生产到销售都受到许多条件的限制，而通过摄入功能性低聚糖来促进肠道内双歧杆菌自然增殖则更切实可行。
抑制肠内腐败产物生成人体肠道内腐败细菌（如产气荚膜梭菌和大肠杆菌等）将氨基酸转化生成氨、吲哚等腐败产物。每日食用10克大豆低聚糖粉可明显减少腐败产物，同时还可抑制那些与肠内生成致癌物质有关的β－葡萄甙酸酶和偶氮还原酶。
低聚糖是一种不消化性糖类,不被胃酸胃酶分解,有一定甜度,人体摄入后基本上不增加血糖、血脂。进入肠部,在大肠中被双歧杆菌利用,而不能被有害菌利用,称作双歧因子,可广泛使用于各类食品作为功能性食品配料。