手术器械消毒灭菌方法一般可以采取高压蒸汽灭菌法，也可以采取低温灭菌法来达到消菌灭毒的目的。
1、高压蒸汽灭菌法：对于耐高温的器械和物品，可以采取高压蒸汽灭菌法这种物理方法达到灭菌的效果，见效快，效果好，但是有效期比较短，可能还没有用到，就已经到了有效期限，使用之前需要仔细检查消毒时间，如果已过消毒消化剂，需要重新消毒处理，才能使用。
2、低温灭菌：主要采用低温甲醛、过氧化氢的方法达到灭菌的效果，消毒有效期相对比较长，比较适用于长期不用的医疗器械消毒。