巧囊能不能怀孕，应该根据各人的情况而定，如果你的巧克力囊肿不影响月经、排卵的话，并且囊肿比较小，应该没事，也有类似得了巧囊怀孕的，对宝宝没有太大影响。但是如果囊肿太多，或者性质不好的话，会影响卵巢，更会影响卵子质量，最好还是听从医生的建议，采用药物治疗或者手术后，等身体恢复后，再准备受孕比较安全。个人建议还是到比较专业的医院做细致的检查，生宝宝毕竟是个大事。