怀孕的时候是可以对胎儿进行亲子鉴定的，只要在专业医院进行对身体就不会有危害，而且结果也是比较准确的，目前做亲子鉴定要等到八周以后提取绒毛进行坚定，但是为了确保胎儿的正常以及存活率，一般是建议在怀孕的16周以后进行羊水抽取检查来鉴定，亲子鉴定所需要的羊水不是很好，只需要2-4ml就够了，对母亲身体是没什么危害的，所以不用担心，做亲子鉴定一定要在大医院进行会比较安全。