造成女性先天性阴道缺失的原因主要有以下几个方面一是染色体异常，也就是染色体发育不全造成的。二是患了雄激素不敏感综合征，其临床表现为核型为XY的个体发育成为貌似正常但却没有生育能力的女性，还有一种就是受药物的影响，如果母亲在怀孕早期使用过雄性激素，抗癌药物，反应停等。都会对胎儿造成影响，另外孕妇在孕早期感染某些病毒或弓形体疾病。