很多的疾病以及病毒都可能会引起疱疹性的咽峡炎，最主要的原因是病毒感染，常见的有柯萨奇A组病毒，EB病毒，疱疹病毒以及某些肠道病毒。有些病人本身的呼吸道的保护功能比较弱，呼吸道的粘膜稚嫩，难以分泌足够的抵抗细菌以及病毒的免疫物质，自洁能力差，加上部分病人本身过度劳累或者是过敏体质都会引起免疫功能下降，从而让疱疹性咽峡炎有机可乘。