酵素果冻的副作用大多数是有可能伴随着消化不良、新陈代谢紊乱、营养不良等，具体副作用不能一概而论，因为每个人使用后的情况会不一样。
1、消化不良：酵素活动对于胃肠道的消化功能很可能会产生一定影响，如果服用量过大，很可能会伴随着后期有消化不良的症状。
2、新陈代谢紊乱：酵素果冻长时间吃会导致肠道内的菌群发生失调，也可能会影响到肠道的吸收能力下降，这时候会发生新陈代谢紊乱。
3、营养不良：酵素果冻能起到促进排便的效果，也会影响到肠道内的食物正常消化和吸收，食用时间长了之后会伴随着身体营养不良。
除了以上副作用之外，还有可能会伴随着腹痛和腹泻等，出现副作用后，必要时到医院就诊治疗。